Bei der Generalversammlung 1999 wurde der Umbau des Rindenplatzes zum Rasenplatz beschlossen. Die Kosten beliefen sich auf ca. 75.000 DM. Zum Ende der Saison 1999/2000 wurde der Aufstieg in die Kreisliga A knapp verpasst. Im Juni 2002 war es dann endlich soweit: Im Aufstiegs-Relegationsspiel gewann das Team um Trainer Franz Burger mit 2:4 Toren. Leider sollte der Klassenerhalt nur ein Jahr anhalten. 2004 übernahm Rolf Büche das Vorstandsamt von Arnold Zimmermann. Außerdem wurde das Sportheim aufwändig renoviert und unsere Internetpräsenz www.fc-weizen.info ging erstmals online. Die 1. Mannschaft schaffte den Wiederaufstieg in die Kreisliga A als Meister mit deutlichem Vorsprung.
Im Rahmen der Generalversammlung 2006 wurden Erich Winter, Klaus Boma und Franz Burger in Anerkennung ihrer langjährigen Arbeit und Verdienste für den Verein zu Ehrenmitgliedern ernannt. Im Jahr 2007 wurde Karl Pieper in die Reihen der Ehrenmitglieder aufgenommen. Zusätzlich zum jährlichen Großereignis Sportwoche wurde ein Open-Air mit der Band Pull veranstaltet. Noch im Dezember 2007 wurde mit umfangreichen Umbauarbeiten am Sportheim begonnen: Der Rohbau für eine Küche wurde an das bestehende Sportheim angebaut.
Das Jahr 2008 brachte eine umfangreiche Fortführung der Baumaßnahmen: Die Vergrößerung der Heimkabine, der Anbau eines Heizraums mit neuer Heizanlage und die Erneuerung des Daches waren nur die Großmaßnahmen. Außerdem wurden sämtliche Fenster erneuert und mit Rollläden versehen, die Duschen und Kabinen wurden neu gefliest, die Wasserversorgung neu installiert, eine neue Theke im Sportheim eingebaut und die Bestuhlung erneuert. Die Baumaßnahmen wurden im Mai 2009 abgeschlossen. Die Spielgemeinschaft mit dem SV Stühlingen zeigte sich fruchtbar: 2009 wurden beide D-Jugendmannschaften Meister in Ihrer Staffel.
Im Jahr 2010 hatte unsere Jugend gleich zweimal hohen Besuch. Im April reiste das DFB-Mobil mit 2 Lizenz-Trainern an und absolvierte eine Trainingseinheit mit 66 Kindern vom FC Weizen und SV Stühlingen. Nur einen Monat später absolvierte die C-Jugend eine Trainingseinheit mit 2 Trainern vom SC Freiburg. Dies scheint gefruchtet zu haben, denn am Ende der Saison stieg die C-Jugend als Meister in die Bezirksliga auf. Im Juni gewannen unsere C-Juniorinnen den Bezirkspokal in Dogern. Im Juli 2010 wurden die gesamte Jugend sowie Trainer, Betreuer und Vorstandschaft mit neuen Trainingsanzügen ausgestattet. Unser besonderer Dank geht an Fritz Stotmeister, der dies ermöglichte.
Im April 2012 wurde unsere A-Jugend lange vor Ende der Runde vorzeitig Meister der Kreisliga und stieg somit in die Bezirksliga auf.
A-Jugend Meister 2012
Am 05.Mai 2012 wurde anlässlich der jährlichen Generalversammlung eine grundlegende Satzungsänderung beschlossen. Anstelle der bislang üblichen Konstellation mit erstem und zweitem Vorstand hat der Verein ab sofort 4 gleichberechtigte Vorstände in den Bereichen Öffentlichkeitsarbeit - Rolf Büche, Technik - Stefan Basler, Organisation - Norbert Güntert und Spielbetrieb - Franz Burger. Am 18.09.2012 beschloss eine außerordentliche Mitgliederversammlung die Generalsanierung des Hauptplatzes, bei der wir mit Kosten von 75.000 € rechneten.
Bereits im Mai 2013 wurde mit den Vorbereitungen des großen Umbaus begonnen: Die Flutlichtmasten an der Straßenseite wurden versetzt und erhielten ein neues Fundament. Im Juni 2013 erreichte unsere erste Mannschaft die Relegationsrunde um den Aufstieg in die Kreisliga A. Nach einem Heimsieg gegen den FC Tiengen 1 und einem Auswärtssieg gegen den FC Bergalingen konnte sich unsere Mannschaft als Aufsteiger feiern lassen. Nur eine Woche später spielten unsere A-Junioren im Bezirkspokalfinale in Laufenburg, welches sie leider verloren.
1. Mannschaft 2013
Aufstieg 1. Mannschaft 2013
Unzählige weitere Arbeiten waren im Laufe der nächsten Monate zu tun. Die Bande musste montiert werden, der Weg am Sportplatz entlang wurde begradigt, eine Terrasse wurde am Sportheim und am Platz für den Grillwagen angelegt, ein neuer Zaun zum Bach hin gebaut. Ganz nebenbei wurden im Winter noch die Toilettenanlage und die Frontfassade saniert. Dann war unser „neuer“ Hauptplatz fertig und wurde an der jährlichen Sportwoche eingeweiht.
Ein Wehmutstropfen blieb: Trotz aller Bemühungen schaffte die 1. Mannschaft den Klassenerhalt leider nicht. Dies lag aber nicht an der Mannschaft. Bedingt durch die Kreisligareform des Bezirks mussten anstatt 2 ganze 5 Mannschaften absteigen und so traf es auch uns. Zum Jubiläumsjahr 2014 erschien außerdem unsere neuen Vereinshymne.